La mise en oeuvre conjointe, un point essentiel des dispositions du Protocole de Kyoto, implique la commercialisation des droits d'émission entre deux parties. Elle part du principe que, si une partie peut réduire ses émissions à moindre frais qu'une autre, ou si elle est déjà en dessous des limites autorisées, alors la partie pour laquelle cela serait plus coûteux pourrait simplement acheter des unités de réduction d'émissions. Cela évite des dépenses supplémentaires encourues quand tous les pollueurs doivent réduire leur propres émissions. Ainsi, en théorie, en s'appuyant sur les "principes du marché", la société pourrait atteindre les objectifs de réduction des émissions à un moindre coût.

Cette théorie a été mise en pratique aux Etats-Unis pour la réduction des émissions de dioxyde de soufre (SO₂) provenant de sources industrielles où elle a obtenu des résultats positifs. Ces sources, comme par exemple de nombreuses centrales à charbon, sont d'importantes émettrices de SO₂ et leurs émissions sont relativement bien connues. Cela a permis à des industries, qui autrement auraient dû fermer, de prolonger leur temps alloué pour se mettre en conformité.

Les conditions suivantes semblent être nécessaires pour que l'échange des émissions soit un succès:

• Le prix implicite d'une unité de pollution devrait être assez cher pour inciter tous les pollueurs à réduire leurs émissions.
• Il devrait y avoir un resserrement progressif des objectifs vers les niveaux désirés, pour que les réductions puissent être réalisées dans un temps raisonnable.
• Les sources d'émissions devraient être bien établies, pour que les progrès en matière de réductions d'émissions puissent être mesurés de manière fiable. C'est une condition essentielle, puisque, sans elle, la mise en oeuvre serait impossible et des procédés malhonnêtes prospéreraient.
• La négociation des prix devrait se faire entre des parties ayant des économies comparables, pour que l'échange puisse être équitable.

Ces conditions ont été toutes remplies pour les échanges de SO₂ aux Etats-Unis, et sont généralement valables pour les émissions d'industries importantes à l'intérieur d'un même pays. Elles peuvent être aussi remplies, en gros, quand des grandes industries de pays différents négocient à travers les frontières, bien que des facteurs comme les différences de convertibilité des monnaies et les taux d'échanges inéquitables doivent être pris en compte.

Dans le cas des émissions de CO₂ réglementées par le Protocole de Kyoto, l'échange se fait entre les pays eux-mêmes, pour que le commerce interne ne soit pas remis en question. (Chaque pays peut, bien sûr, choisir d'avoir des autorisations d'échanges à l'intérieur de ses frontières pour réaliser l'objectif du Protocole de Kyoto, mais ceci tombe sous la juridiction du pays et non pas sous celle du Protocole.) L'échange des émissions entre de grandes industries, comme les centrales, situées dans les parties visées &agra ve; l'Annexe I (ou Annexe B) peut être justifié, à condition que les accords sur les prix soient résolus. (Vieux le tableau pour les parties des Annexes I et B.) Cependant, puisqu'il y a des pays économiquement faibles avec des monnaies faibles qui font partie de l'Annexe I (comme, par exemple, l'ex-Union soviétique et des pays de l'Europe de l'est), les échanges peuvent devenir inéquitables. De plus, les relevés des émissions d'avant 1990 pour les grandes usines dans l'ex-Union soviétique et en Europe de l'Est sont probablement médiocres et incomplets dans beaucoup de cas. Finalement, la valeur de ces relevés pour la prochaine décennie est très douteuse, vus les énormes changements qui se sont produits depuis 1990.

Si l'échange entre les pays de l'Annexe I, pour la mise en oeuvre conjointe devient problématique, il le sera encore plus entre des pays de l'Annexe I et des pays en voie de développement. Mises à part les questions de mesures et d'application, la question d'équité est particulièrement sérieuse. Le problème du CO₂ a été causé principalement par les émissions des pays industrialisés. Mais les droits d'émettre ont été alloués sur la base des niveaux de 1990. La part du lion sur la valeur des crédits d'émissions qui peuvent être échangés revient ainsi à ceux qui ont créé le problème. Les pays dont la consommation de combustibles fossiles est la plus faible auraient droit aux crédits d'émissions les plus bas et en tireraient donc les moindres bénéfices, bien qu'ils aient contribué le moins au problème.

C'est une des raisons centrales pour laquelle ces pays ont refusé leurs propres limites d'émission dans le Protocole Kyoto. La question du niveau de la commercialisation des droits d'émissions pour les pays en voie de développement est reportée à une date ultérieure (vraisemblablement à la conférence en Argentine en novembre 1998).

Si les droits d'émissions étaient fixés en fonction du nombre d'habitants, comme beaucoup le demandent dans les pays en voie de développement, la faisabilité de la mise en oeuvre conjointe serait alors considérablement élargie ainsi que les bénéfices économiques qui en résulteraient.

Des propositions pour la mise en oeuvre conjointe concernant des secteurs autres que l'industrie posent des problèmes supplémentaires. Ce sont, par exemple, la plantation de forêts dans les pays en voie de développement et l'utilisation des résidus agricoles dans les centrales pour contrebalancer les émissions de CO₂ dans les pays industrialisés. Ces propositions conviennent toutes mal à la mise en oeuvre conjointe puisqu'elles ne remplissent pas plusieurs des conditions énumérées plus haut. D'abord, l'inégalité des parties négociant est évidente dans ce genre d'arrangements, et est exacerbée par le fait que les classes riches, dans des sociétés où les divisions de classe sont prononcées, négocient au nom des fermiers et des pauvres.

Les problèmes techniques sont tout aussi décourageants. Dans le cas le plus simple, un arbre contribuerait à la réduction de CO₂ seulement pendant la période de croissance. Après cela, suivant les circonstances, il pourrait y avoir une augmentation ou une réduction nette de CO₂. De plus, les émissions de gaz à effet de serre tels que le protoxyde d'azote et le méthane devraient être aussiprises en considération. Faudrait-il reboiser? Comment tenir compte des changements naturels dans les régions boisées au fil du temps? On ne voit pas bien comment des processus si complexes pourraient être intégrés pour rendre compte des gaz à effet de serre.

Il y a aussi la question des terres. La plupart des pays en voie de développement n'ont pas beaucoup de terres non cultivées. Les terres en commun et partiellement boisées sont souvent utilisées par les personnes pauvres comme pâturage pour les animaux de trait, comme source de bois de chauffage et de cuisine ainsi que pour d'autres usages.

Attribuer une valeur monétaire à ces terres en les rattachant aux projets de mise en oeuvre conjointe pourrait priver des millions de gens pauvres de l'accès à des ressources de base, bien qu'ils n'aient pas créé le problème des gaz à effet de serre.

Même beaucoup de projets, qui ont l'air intéressants à première vue, ne résistent pas à un examen minutieux. Par exemple, un projet qui utiliserait la bagasse (la matière organique qui reste après le pressage de la canne à sucre) pour générer de l'électricité en Inde pourrait avoir des conséquences désastreuses pour un grand nombre de personnes. La bagasse est déjà utilisée pour une variété d'usages, y compris la production d'électricité. La pression pour obtenir plus de bagasse pour ce type d'usines pourrait conduire à augmenter la culture de la canne à sucre au détriment des cultures vivrières. De plus, dans beaucoup de régions de l'Inde, la bagasse est transformée dans les fours traditionnels en sucre brun non raffiné, appelé "gurdh". La mise en oeuvre conjointe pourrait mettre fin à des industries artisanales de ce genre qui emploient un grand nombre de personnes et créerait encore plus de chômage dans des régions rurales déjà en difficulté. En résumé, le nombre de projets de cette mise en oeuvre conjointe, qui pourraient être exécutés avec certains bénéfices économiques pour la communauté mondiale, sont limités. Cependant, il faudra y penser sérieusement d'une façon jamais faite précédemment pour s'assurer que ces projets sont équitables, que leurs résultats sont quantifiables, et que les populations les plus pauvres du monde n'en souffrent pas.