Le retraitement du combustible irradié des centrales nucléaires civiles russes a commencé en 1977 quand l'usine RT-1 du complexe de Mayak a été mise en route. L'usine retraite du combustible irradié des réacteurs civils VVER-440 et BN-600. Il retraite également celui des réacteurs de la propulsion navale des brise-glaces et sous-marins; et des réacteurs de recherche. Le rendement annuel de l'usine est de 400 tonnes de combustible irradié. L'uranium, qui est séparé durant le retraitement, est utilisé pour fabriquer du combustible pour les réacteurs RBMK-1 000 (avec un enrichissement de 2,4 %). Le plutonium séparé sous forme d'oxyde est entreposé; à l'heure actuelle il y en a plus de 30 tonnes.

La presque totalité des déchets de basse et moyenne activité résultant du retraitement sont mis sans conditionnement dans des cuves de stockage, des piscines, et des réservoirs. La radioactivité totale des déchets de haute activité du complexe de Mayak résultant du retraitement du combustible des réacteurs commerciaux et militaires se monte à 389 curies. Ces déchets sont stockés pour le moment sous forme de solutions (11 200 mètres cubes, 258 millions de curies) et de pulpe (18 650 mètres cubes, 131 millions de curies).

La vitrification des déchets liquides de haute activité a commencé en février 1991 avec la mise en service du four EP-500. Le four peut traiter 500 litres de déchets de haute activité par heure et fabriquer du verre de phosphate. Bien que conçu pour une durée de vie de 3 ans, le four fonctionne toujours, mais avec rendement tres diminué. Durant son fonctionnement, le four a vitrifié 280 millions de curies de déchets de haute activité. Actuellement, deux fours supplémentaires semblables sont en cours de construction, dont l'un pourrait être terminé d'ici un an si le financement est suffisant.

La construction d'un four à creuset "froid"1 avec un rendement prévu de 100 litres par heure est presque achevé. Cette usine fabriquera du verre à base de borosilicates. On pense qu'avec la mise en service de cette nouvelle usine, il sera possible de vitrifier des déchets de haute activité contenant de grandes quantités de silicium, de molybdène, de fer, de soufre, et d'autres constituants. Ces déchets ne pouvaient pas être vitrifiés dans le four EP-500 et s'éeataient donc, avaient été accumulés dans des cuves de métal.

En 1995, environ 200 tonnes de combustible irradié ont été retraitées à RT-1, et près de 150 tonnes en 1996. L'usine a des contrats de retraitement avec des centrales nucléaires russes et étrangères. Parmi les fournisseurs de combustible irradié se trouvent deux réacteurs VVER-440 finlandais (environ 25 tonnes par an), quatre réacteurs hongrois (environ 50 tonnes par an), la centrale nucléaire de Kolsk et deux réacteurs de la centrale de Novovoronezh. Du combustible irradié de réacteurs ukrainiens est également retraité.

Récemment il y a eu des désaccords entre les autorités de RT-1 et celles des centrales nucléaires finlandaises. À cause de l'escalade des prix du combustible et de l'électricité, Mayak voulait augmenter le montant du contrat de retraitement de l'uranium à 800 dollars du kg. D'après des sources non-officielles, le prix se situe maintenant aux environs de 400 à 500 dollars du kg. La partie finlandaise a protesté contrat cette augmentation du prix de contrat et a arrêté le retraitement à la fin de 1996. Une autre difficulté vient de la nouvelle législation russe qui prévoit que les déchets radioactifs et vitrifiés doivent être rendus au pays d'o ù provient le combustible irradié. Les finlandais s'opposent à l'exigence russe de retour des déchets. Une situation semblable existe avec la Hongrie.

On avait pensé que le combustible irradié des réacteurs VVER-1 000 serait retraité à l'usine RT-2 de Zheleznogorsk (autrefois appelé Krasnoyarsk-26). Cependant la construction de cette usine n'en est qu'à ses débuts et, ces dernières années, elle a dû s'arrêter faute de fonds. Il n'est pas réaliste de compter sur des sources de financement nationales tandis que les efforts pour attirer des investissement étrangers ont peu de chance d'aboutir parce que le retraitement est mal considéré à l'étranger. En raison de ces circonstances, Mayak est en train d'étudier la possibilité de retraiter le combustible irradié des réacteurs VVER-1 000 à RT-1. Cependant, des investissements considérables seraient nécessaires pour construire une usine de préparation du combustible irradié des réacteurs VVER-1 000.