Cependant, la réalité est différente. D'après les statistiques du gouvernement, la quantité de combustible irradié déchargée des réacteurs à eau ordinaire (PWR) depuis le début de leur fonctionnement jusqu'à la fin de l'année budgétaire 1994 se montait à 10 400 tonnes (31 mars 1995), et à l'heure actuelle la cadence annuelle de déchargement est de 1 000 tonnes. L'usine de Tokai fonctionne en rendement d'installation pilote, et elle avait retraité 864 tonnes à la fin de l'année budgétaire 1995.

Étant donnée la capacité limitée de l'usine de Tokai, combinée à la politique japonaise de ne pas signer de nouveaux contrats avec les industriels du retraitement étranger, le Japon ne pourra pas retraiter son combustible irradié qui s'accumule. Même si l'usine de Rakkasho commençait à fonctionner en plein régime, comme prévu, au milieu des années 2000, la capacité de retraitement de 800 tonnes ne sera capables d'absorber qu'une petite partie du combustible irradié.

De plus, l'augmentation du coût de l'usine de Rakkasho, qui monte en flèche, rend sa construction très aléatoire. La dernière estimation de JNFL des frais de construction comprenant le coût de l'usine de vitrification des déchets de haute activité est de 1,88 billions de yens (environ 17 milliards de dollars) - soit jusqu'à 7 fois plus que le coût de ses homologues européens. Il est possible que les travaux de construction soient reculés après l'achèvement de la construction d'un bassin de stockage de combustible irradié prévue pour 1997.

Étant donnée la maigre demande de plutonium, le gouvernement et les compagnies d'électricité ont à faire face à un sérieux problème de surplus. De grandes inquiétudes sur les questions de sûreté et de sécurité, internationales et nationales, ont été suscitées lors du transport de 1,5 tonnes de plutonium à bord du cargo, Akatsuki-maru, depuis la France jusqu'au Japon. En 1995, les compagnies d'électricité japonaises ont forcé le gouvernement à abandonner pour raisons financières le projet Ohma Advanced Thermal Reactor (ATR, réacteur thermique avancé) utilisant du combustible MOX. Une fuite de sodium sur le réacteur surgénérateur à neutrons rapides (RNR) de Monju le 8 décembre 1995 a porté un coup terrible au programme de plutonium du gouvernement. Tout le programme RNR du Japon a depuis été retardé, peut-être indéfiniment.

Le gouvernement a l'intention de consommer dans des PWR, sous forme de MOX, presque tout le plutonium séparé en Europe, dans le but de maintenir la "politique de non-accumulation de plutonium." Mais ce programme pourrait ê;tre aussie reportéà cause de l'opposition des pouvoirs locaux. Dans ce cas, le surplus japonais de plutonium séparé en Europe augmenterait jusqu'à 20 -25 tonnes au tournant du siècle.

La politique de retraitement japonaise doit maintenant faire face à un curieuse contradiction.. Le Japon a une pénurie de capacité de retraitement du combustible irradié, alors qu'il souffre accroissement de son surplus de plutonium. La politique basée sur le retraitement de la fin du cycle du combustible est devenue de plus en plus contestée et est en train de perdre sa justification. La seule façon de sortir de cette difficulté est de réexaminer minutieusement la politique du retraitement pour empêcher la poursuite de l'accroissement du stock de plutonium séparé.